Etude sur l'ADN environnemental des mares

10/04/2018 - 16:52

En 2013, un partenariat recherche et développement a été établi avec le laboratoire Spygen afin de tester les méthodes d’ADN environnemental sur 100 mares d’Île-de-France afin d’y recenser les amphibiens, poissons, mammifères et odonates. En 2014, un travail supplémentaire a été conduit sur six mares afin de cerner la période idéale pour effectuer des prélèvements d’eau en vue de réaliser des inventaires les plus exhaustifs possibles des amphibiens.

En 2013, les 100 mares suivantes ont fait l’objet de prélèvements d’eau en mai, qui ont ensuite été analysés par le laboratoire Spygen.

Les résultats précis sont développés dans le powerpoint et l’article téléchargeable ci-contre. La comparaison de l’abondance entre abondances trouvées dans ce pool de mare supposé représentatif de la région et la base de données de la Société Nationale de Protection de la Nature (en 2014) apportent quelques informations sur la sous détection ou la sous détection d’espèces d’amphibiens par rapport à l’observation directe :

L’absence du Triton alpestre dans les analyses ADNe se sont avérées dues à l’amorce ADN utilisée pour cette espèce, provenant d’une population isolée de Triton alpestre proche de Montpellier, génétiquement trop distincte des Tritons alpestres d’Île-de-France.

Des poissons étaient présents dans 39 mares sur 100 :

Il apparaît également que la présence de poissons sans plus d’information sur leur régime alimentaire ne permet pas de prédire la présence d’amphibiens ; par contre, la présence de poissons carnivore est très négativement corrélée avec la présence d’amphibiens :

Néanmoins, le Crapaud commun, peu ou pas consommé par les poissons carnivores, semble sélectionner les mares avec des poissons carnivores, dans lesquelles il ne se trouve pas en concurrence avec d’autres amphibiens :

En 2014, six mares accueillant tous les amphibiens de la région (à elles six), à l’exception du Sonneur à ventre jaune, ont fait l’objet de prélèvements d’eau en avril, mai, juin et juillet afin de déterminer la meilleure période d’échantillonnage pour les amphibiens en Île-de-France et dans les régions alentours. Les résultats indiquent que si l’on souhaite utiliser cette technique de l’ADN environnemental, c’est autour de la mi-mai que l’on pourra détecter aussi bien les espèces précoces, dont les têtards sont encore en partie présents, que les espèces tardives, dont les adultes viennent d’arriver. Le tableau suivant indique le nombre de mares dans lesquelles les différentes espèces ont été détectées chaque mois, à comparer au nombre de sites de présence total de l’espèce parmi les 6 mares (seul le Triton palmé était présent dans les six mares) :

  Total sites de présence Avril Mai Juin Juillet
Alyte accoucheur 2 0 2 2 2
Crapaud commun 4 4 3 1 0
Crapaud calamite 1 1 1 1 1
Pélodyte ponctué 1 1 1 1 0
Rainette verte 3 1 3 2 1
Grenouille verte 4 2 4 3 4
Grenouille agile 5 5 5 5 3
Grenouille rousse 1 1 1 0 0
Salamandre tachetée 2 2 2 0 0
Triton alpestre 3 3 3 3 2
Triton palmé 6 6 6 5 4
Triton ponctué 3 2 2 2 1
Triton crêté 4 4 4 4 3
Triton marbré 1 1 1 1 0
Total espèces-sites 40 33 38 30 21

Les odonates n’ont pas fait l’objet d’analyses car les banques de données génétiques ne sont à ce jour pas complétées.

Repères : 

100 mares échantillonnées en 2013

6 mares suivies en 2014

4 groupes taxonomiques étudiés