(Corona)virus et biodiversité

27/03/2020 - 12:56

La situation est sans précédent : une pandémie due à un organisme pas vraiment vivant (ce n'est qu'un virus après tout, qui n'est rien sans un hôte) ne mesurant que le millième de l’épaisseur d'un cheveux conduit au confinement un tiers de l'humanité. 
Un cas unique, qui occupe sans partage les échanges, débats et productions médiatiques diverses. Un sujet frais dont les fils se nouent et se dénouent au cours des journées. 

Qu'apprend-on ou que croit-on apprendre ? 

  • Que le virus aurait eu pour hôte un animal.

Un être vivant, c'est incontestable. Cela relève même de la nature de ce qu'est un virus, qui ne peut exister en dehors d'un hôte, bien vivant celui-là, c'est à dire doté d'un métabolisme propre, contrairement aux virus. Un constat qui rend caduque les demandes de désinfection à l'eau de javel des rues de Paris (sic) par exemple.

  • Que c'est la faute aux animaux. 

Très simpliste. Boire la tasse en mer, c'est ingérer une bonne centaine de millions de virus. Certes, une très faible proportion d'entre eux infecte les mammifères dont nous faisons partie. Un papier paru dans Nature en 2017  tente de démêler les facteurs et les traits des espèces de mammifères les plus susceptibles d'héberger des virus potentiellement pathogènes pour l'homme dans un premier temps, puis les conditions les plus favorables au franchissement de la barrière entre ces espèces et l'homme. Concernant le premier point, trois facteurs prédisent l'émergence d'une possible épidémie : la proximité phylogénétique avec l'homme, la diversité spécifique des hôtes et leur concurrence avec des populations humaines. Si on classe ces trois facteurs en fonction de leur importance dans l’émergence de zoonoses, ils se trouvent alors réordonnés : les animaux domestiques, pour la troisième raison, c’est-à-dire leur proximité physique avec l’homme, occupent le haut du podium, suivent les rongeurs et les chauves-souris avec leur extrême diversité (quasiment deux mammifères sur trois appartiennent à l’un de ces deux ordres) et enfin nos proches cousins les singes pour la première. Enfin, il faut mentionner le fait que l’homme n’échappe pas à son animalité et héberge lui-même des virus jouant ainsi le rôle de réservoir.

  • Que l'hôte en question est à chercher parmi les chauves-souris, les pangolins ou les serpents...

​Très vraisemblable. L'incroyable, et encore bien méconnue, diversité des virus avec au moins 6000 espèces décrites à ce jour et plus d’un million potentielles se trouve dans des hôtes, parmi lesquels des bactéries, des champignons, des plantes, des arthropodes et des vertébrés évidemment ! Parmi ceux-ci, plus de 200 connus à ce jour ont un caractère pathogène lorsqu'ils infectent l'Homme. Mais pour qu'il y ait transmission d'une espèce à une autre, il faut qu'il y ait rupture de la barrière entre ces espèces. C'est-à-dire saut de ce caractère "hospitalier" ou plutôt infecté entre celles-ci. Dans certains cas, il peut alors y avoir pathologie chez le nouvel hôte. S'ensuit une relation entre contamination et létalité du virus d'une part, et défenses immunitaires, grégarité et dispersion des hôtes d'autre part. De cette relation peut émerger une épidémie plus ou moins vulnérante pour les hôtes. Dans le cas du Covid-19, comme le suppose cet article, il semblerait bien que l'origine de ce virus se trouve chez les deux mammifères cités. À noter les progrès spectaculaires en biologie moléculaire : les coronavirus infectant les humains en utilisant un récepteur membranique donné, très peu variable chez les mammifères (ce qui a précisément conduit justement à ce qu'émerge un groupe de virus utilisant cette clé quasi-générique) parce qu'il régule la vasodilatation des vaisseaux et donc la tension. Hors on peut prédire désormais, en séquençant le génome des coronavirus et en prédisant la structure en trois dimensions de la protéine en résultant, s'ils possèdent cette "clé" et s'ils sont de potentiels pathogènes pour l'homme.

  • Que c'est donc de la faute des humains alors.

​Pas moins simpliste que le point précédent. Deux courants à l'opposé l'un de l'autre coexistent dans les médias traitant du sujet ces jours derniers.

  • Le premier consiste à émettre l'idée que c'est la consommation de viande d'espèces sauvages qui est la principale cause de la rupture de la barrière entre espèces, soit pour cause de disette, comme c'est le cas en Afrique équatoriale, soit par croyance dans les bienfaits d'une telle consommation comme on le reproche aux asiatiques et en particulier aux chinois. Bref, que la consommation de viande de brousse ou d'espèces sauvages favorise la transmission des animaux aux humains. Cette raison dédouane intégralement notre société.
  • Y est opposée la boulimie de notre mode de vie occidental qui favorise la déforestation de zones riches en espèces au profit de productions agricoles, déforestation conduisant à l'erratisme et à l’isolement de populations de mammifères forestiers et à leur mise en contact avec des populations humaines mobiles et grégaires, le tout favorisant l'émergence d'une pandémie. 

Qu'en conclure alors ?

Deux points, à ce stade.

Premièrement, quoi qu'il en soit, un élément émerge ça et là dans les réflexions : les écosystèmes échappant à de brutales perturbations d'origine anthropique sont par nature un rempart à l'émergence de nouvelles pathologies d'origine virale. Ne serait-ce que parce que ces écosystèmes sont plus susceptibles :

  1. d'héberger des espèces ayant une diversité génétique élevée, un rempart anti-pathogène dont le mécanisme a été montré il y a plus de dix ans. On comprend l’impact direct d’un tel mécanisme : les populations sauvages d’hôtes potentiels, lorsqu’elles sont isolées par destruction et fragmentation des habitats, voient leur diversité génétique chuter et ainsi leur potentiel rôle d’hôte augmenter.
  2. une diversité spécifique elle-même élevée dont on a pu montrer l'efficacité de l'effet de dilution des communautés d'oiseaux sur la dissémination du virus West Nile, ou plus directement.
  3. des espèces cul-de-sac dans la circulation du virus, comme peuvent l'être les nécrophages ainsi que cela a été constaté avec la dissémination du ranavirus.

Enfin, deuxièmement, qu'il serait très tentant de laisser réémerger une peur de la nature telle que François Terrasson la dénonçait il y a plus de trente ans déjà. Cette peur est particulièrement contre-productive : elle conduit à opposer homme et nature alors même que tout montre que si les relations sont infiniment complexes entre ces deux parties, elles sont au bénéfice du premier et aux dépens de la seconde.

Pipistrelle commune (Pipistrellus pipistrellus) © G. San Martin
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